Что такое RPATH? Wikipedia:
rpath is a term in programming which refers to a run-time search path hard-coded in an executable file or library, used during dynamic linking to find the libraries the executable or library requires.
Иными словами это жёстко зашито в заголовке бинарника. Можно попробовать поменять в момент запуска:
LD_LIBRARY_PATH=/var/other myprog &
Но это не всегда возможно и не всегда работает. Для постоянного изменения существует специальные утилиты, которые правят сам бинарник.