Что имеем: есть сервер (8Гб памяти, Intel(R) Xeon(R) CPU E31220 @ 3.10GHz) FreeBSD 8.4 Release amd64, сайт на php5.2, nginx+apache+mysql.
Перейти полностью на php-fpm не получилось, поэтому пришлось защищаться как есть. Это поможет отразить небольшую syn flood атаку.
Ниже будет приведены выполненные действия для отражения атак.