Для отслеживания изменения конфигурационных файлов, можно использовать разного рода инструменты. Можно использовать inotify, но оно не всегда удобно.
Linux
Это называется Linux audit trails. Как это настроить и использовать – описано здесь
FreeBSD
К сожалению, нормального аналога нет, но зато энтузиасты написали что-то похоже. Так же рекомендую прочесть другую заметку
