[mysql] Warning: Using a password on the command line interface can be insecure.

Это сообщение начало появляться в mysql 5.6 если используется ввод пароля прямо в строке с подключением. Что бы убрать это, нужно создать так называемый login-path с нужными параметрами подключения (user,pass,host,db,…) и потом его вызвать непосредственно в скрипте. И так, создаём (будет выдано приглашение на ввод пароля для юзера proftpd):

# mysql_config_editor set --login-path=proftpd --host=localhost --user=proftpd --password
Enter password:

Теперь в скриптах или в оболочке используем такую конструкцию:

# mysql --login-path=proftpd proftpd_admin -N -e "select ..."

Больше вы не будете видеть надоедливые сообщения.

ПС. Если по каким-то причинам это нельзя сделать, то можно просто “подавить” вывод stderr в /dev/null:

$ mysql -uuser -ppass -e "select 1" 2>/dev/null