Я обновлялся с 12.10 до 14.04.
Что бы нормально обновить и без ругани, сначала нужно удалить все i386 пакеты (лучше сохранить их список куда-то в файл, что бы потом заново проинсталлить). Удаляем такой командой:
# for i in `dpkg -l | grep i386 | grep -v amd64 | awk '{print $2}'`; do dpkg -P $i; done
Причём это нужно будет делать не 1 раз, так как будут зависимости и не всё удалится с первого раза. Мне пришлось запустить команду раз 6.