EXTRA_PATCHES в /etc/make.conf
.if ${.CURDIR:M*/emulators/open-vm-tools}
EXTRA_PATCHES=/path/to/vmware-guestd.in.patch
.endif
Если патчей много на разные порты, то можно недавно придуманный
EXTRA_PATCH_TREE использовать.
ПС. Совет не мой, увидел в рассылке
