Сразу замечу, что официальной документации я не нашёл ни единого упоминания о таком поведении. А оно заключается в следующем: что бы правильно выставить значение sql_mode в my.cnf, нужно поискать, ни где ли в других стандартных конфигах не упоминается ли? В моём случае главный конфиг был в /etc/my.cnf, и базу я стартовал именно с указанием этого конфига. Но! в папке с установленным дистрибутивом mysql был ещё один my.cnf (лежал он в /opt/mysql/mysql/my.cnf, то есть $MYSQL_HOME/my.cnf) в котором и была эта строка, которая перетирала любые правки, внесённые в /etc/my.cnf касательно sql_mode. Возможно это так же влияет и на другие переменные.
После комментирования строки, и выставление нужного значения в /etc/my.cnf (мне нужно было полностью отключить его), всё заработало как надо. Правильно нужно указать так:
sql_mode=
