Приведу без сравнения и тестирования, возможно позже добавлю инфу об этом.
1) rsync
Домашняя страница http://rsync.samba.org/
2) fsbackup
Домашняя страница http://www.opennet.ru/dev/fsbackup/
3) rdiff-backup
Домашняя страница http://www.nongnu.org/rdiff-backup/
4) rsnapshot
Домашняя страница http://www.rsnapshot.org/
5) Duplicity
Домашняя страница http://duplicity.nongnu.org/
6) DAR
Домашняя страница http://dar.linux.free.fr/
7) httm
Домашняя страница https://github.com/kimono-koans/httm
