В общем случае эта ошибка может означать всё, что угодно. Но если взять конкретный пример – drupal, то скорее всего установлен слишком маленький timeout для подключений. Добавьте такую строку в ваш my.cnf (или измените значение)
wait_timeout = 180
После этого перезапустите mysql.
