Если это сообщение появляется при запуске приложений, таких как ls, top, ps и других, то это значит, что кто-то заменил бинарники их исходниками. Проще говоря, при распаковке папки src.tar.bz2 она была распакована не в /usr/src, а в /usr.
Решение: с рабочей системы скопировать (можно по scp, она кстати будет работать) все бинарники в папку /bin, /usr/bin, /usr/sbin.
