$ ffmpeg -i 1.MTS -acodec copy -vcodec copy -sn 1.mkv
$ ffmpeg -i 2.MTS -acodec copy -vcodec copy -sn 2.mkv
$ mkvmerge -o 12.mkv 1.mkv + 2.mkv
А вот ещё один вариант для всех файлов (запускать прямо в cmd):
for %a in ("*.mts") do ffmpeg.exe -i "%a" -vcodec libxvid -s 848x480 -maxrate 4800k -b 4000k -qmin 3 -qmax 5 -bufsize 4096 -acodec libmp3lame -ac 2 -ab 160k -y "%~na_xvid.avi"