Один раз был крупный alter через репликацию на slave и он в этот момент ребутнулся по питанию. Сам mysql стартует нормально, но при попытке изменить одну из таблиц получаю сообщение:
ERROR 1050 (42S01): Table 'pirate/#sql-ib1293541' already exists
Захожу в папку базы pirate и вижу, что есть файлик #sql-ib1293541.ibd и больше ничего подозрительного. Пробую удалить разными методами: