Есть упрямые пакеты, которые не предлагают опций для установки или их нельзя изменить. Но это можно поправить. По умолчанию параметры для установки (в том числе и basedir) все пакеты берут из файла /var/sadm/install/admin/default. Что бы переопределить параметры, создаёт новый файл, к примеру custom, в папке /var/sadm/install/admin, добавляем в файл custom строку
basedir=/var/applications/$PKGINST