Это сообщение начало появляться в mysql 5.6 если используется ввод пароля прямо в строке с подключением. Что бы убрать это, нужно создать так называемый login-path с нужными параметрами подключения (user,pass,host,db,…) и потом его вызвать непосредственно в скрипте. И так, создаём (будет выдано приглашение на ввод пароля для юзера proftpd):
# mysql_config_editor set --login-path=proftpd --host=localhost --user=proftpd --password
Enter password:
Теперь в скриптах или в оболочке используем такую конструкцию:
# mysql --login-path=proftpd proftpd_admin -N -e "select ..."
Больше вы не будете видеть надоедливые сообщения.
ПС. Если по каким-то причинам это нельзя сделать, то можно просто “подавить” вывод stderr в /dev/null:
$ mysql -uuser -ppass -e "select 1" 2>/dev/null