Всё нужно бэкапить, в том числе и mysql. Но как это делать правильнее всего?
Многие предложат утилиту mysqldump, но она блокирует таблицу на время создания дампа (для InnoDB это можно обойти, использовав параметр –single-transaction в утилите mysqldump), соответственно в это время нельзя будет внести никакие данные в эту таблицу. Да и время на создания дампа уходит много. Если для вас это не критично, можете использовать эту утилиту.
А если же критично? Что тогда?