Если нужно быстро перезагрузить базу, можно воспользоваться хаком: сбросить грязный кешь (на самом деле мы просто выставляем лимит грязного кеша в 0) и потом просто restart. И так:
mysql>set global innodb_max_dirty_pages_pct=0;
Теперь дожидаемся, пока весь кеш сбросится (раз в 10 секунд проверяем размер грязного кеша):
$ mysqladmin ext -i10 | grep dirty
| Innodb_buffer_pool_pages_dirty | 1823484 |
| Innodb_buffer_pool_pages_dirty | 1821293 |
| Innodb_buffer_pool_pages_dirty | 1818938 |
...
| Innodb_buffer_pool_pages_dirty | 0 |
то есть значение Innodb_buffer_pool_pages_dirty будет 0. Теперь можно рестартовать базу
# /etc/init.d/mysql restart
